電子カルテを変えてもmedimoはそのまま使えますか？

はい、可能です。

medimoは特定の電子カルテシステムに依存しないサービスのため、

Google ChromeやMicrosoft Edgeが動く環境であれば、どのメーカーの電子カルテ端末からでもログイン可能です。

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